Indonesia, dưới tên gọi Đông Ấn Hà Lan, là đội bóng châu Á đầu tiên tham dự vòng chung kết World Cup sau khi vượt qua vòng loại của giải năm 1938. Trận thua 6–0 tại vòng 1 ở Reims trước đội á quân Hungary là trận đấu duy nhất tại 1 kỳ chung kết World Cup của đội.

Năm 1958, đội dự vòng loại World Cup đầu tiên của mình với tư cách là nước Indonesia độc lập. Sau khi vượt qua được Trung Quốc ở vòng 1, đội đã bỏ cuộc khi từ chối đấu với Israel. Những năm sau, do lý do chính trị mà Indonesia không tiếp tục tham gia giải đấu. Mãi đến năm 1974 đội mới trở lại.

Indonesia lần đầu tiên xuất hiện ở 1 vòng chung kết Asian Cup là vào năm 1996 diễn ra ở UAE, đội chỉ giành được 1 điểm sau trận hòa với Kuwait ở vòng bảng. Ở lần thứ 2 xuất hiện tại Liban năm 2000; 1 lần nữa, Indonesia cũng chỉ giành được 1 điểm sau 3 trận đấu. Tại Asian Cup 2004, thành tích của đội có khá hơn khi giành thắng lợi đầu tiên trong lịch sử khi đánh bại Qatar với tỉ số 2–1; đáng tiếc là kết quả này chưa đủ để đưa đội vào vòng 2. Đến Asian Cup 2007 với tư cách là chủ nhà, Indonesia được đặc cách vào thẳng vòng chung kết, đến đây, họ đã thắng Bahrain 2–1, thua Ả Rập Saudi 1–2 và thua Hàn Quốc 0–1. Họ kết thúc giải ở vị trí thứ 3 bảng D.

Indonesia chưa bao giờ giành được chức vô địch AFF Cup, dù đã 5 lần lọt vào trận chung kết (2000, 2002, 2004, 2010 và 2016). Họ chỉ 2 lần lên ngôi quán quân trong khu vực vào các năm 1987 và 1991 khi giành huy chương vàng tại SEA Games.

Từ ngày 30 tháng 5 năm 2015 đến ngày 4 tháng 5 năm 2016, Indonesia bị FIFA cấm tham gia vào các hoạt động bóng đá do để chính phủ can thiệp vào nội bộ bóng đá nước này cũng như nạn bán độ và dàn xếp tỉ số.